於此階段，全校學生人數約11900馀人，以「人的健康」為核心，分為「醫學與健康」、「環境與生命」、「管理與資訊」及「人文與社會」四學群發展學系及學科。

為求發展，輔英科技大學董事會於1999年初積極尋覓第二校地，並擇定承租屏東縣萬丹鄉台糖土地約23公頃，規劃為健康科學園區（包括第二校區及第二附設醫院、護理之家、贍養中心、托育中心、醫學研究中心預定地），原先之規劃系大學部逐年移至萬丹發展，大寮校區則專供五專部及推廣教育使用。惟因少子化之影響，第二校區拓建工程雖已於九十年十一月七日舉行奠基典禮，尚未正式動工興建。

科技大學時期（2002年～至今）

2002年輔英科技大學符合教育部科技大學之審核條件，經實地訪視後，獲教育部核定改名輔英科技大學，學校發輾轉以穩健的腳步發展，為期創造特色，強化競爭力，於2003年修訂中程校務發展計畫時，擇定八項校務發展計畫作為現階段校務工作重點，2004學年度起則持續推動執行。

· 開創具特色的專業學程。

· 提升教學品質與學習成效。

· 深化通識教育。

· 建立e化學習環境。

· 加強學生外語及資訊能力。

· 強化學術研究。

· 加強夥伴關係，拓展產學合作。

· 開發萬丹校區。