台灣研究所的科系相當多元，18個學群中囊括了許多專業及優質的系所，以下列舉幾項熱門學群與學校：

藝術學群

• 國立臺灣藝術大學 多媒體動畫藝術學系動畫藝術碩士班（碩士班）
• 國立臺灣藝術大學 圖文傳播藝術學系（碩士班）
• 世新大學 數位多媒體設計學系（碩士班）
• 國立臺灣大學 藝術史研究所（博士班）

醫藥衛生學群（獸醫相關）

• 國立中興大學 獸醫病理生物學研究所（碩士班）
• 國立中興大學 獸醫學系（博士班）

法政學群

• 銘傳大學 犯罪防治學系（碩士班）
• 東吳大學 人權碩士學位學程（碩士班）
• 國立臺灣大學 政治學系（博士班）

除以上列舉，台灣還有相當多碩士班與博士班系所，有興趣的同學可以透過海外聯合招生委員會名額查詢系統，找尋自己喜歡的科系。

• 僑生及港澳生招生名額查詢系統（碩士班）
• 僑生及港澳生招生名額查詢系統（博士班）