全國第一所向教育部申請成立獨立的單一宗教研修學院-法鼓佛教研修學院
所幸，於2000年底，教育部召開宗教教育相關事宜會議，考慮有條件將神佛學院等宗教研修機構納入高等教育體系。於2004年3月，立法院三讀通過修正「私立學校法」第九條，有別於以多元宗教學術研究為目的之宗教學院或系所，例如︰目前已有的九所相關宗教系所：輔仁大學（1988）、真理大學（1996）、玄奘大學（1997）、政治大學（1999）、南華大學（2000）、慈濟大學（2000）、中原大學（2000）、東海大學（2001）、佛光大學（2001），允許私立大學或宗教法人設立單一宗教的「宗教研修學院」，授予宗教學位，以培養神職人員及宗教人才，並且開放學生參加宗教儀式，以作為開設「修行」學分科目的依據。於是，臺灣之單一宗教的宗教教育有了嶄新的可能性，可以將學術「研究」與實踐「修行」結合。
法鼓佛教研修學院、
法鼓佛教學院
於2006年，中華佛學研究所以25年辦學經驗為基礎，結盟國外15所知名院校之國際化績效，培養十多位畢業生在國際名校取得博士學位的成果，全國第一所向教育部申請成立獨立的單一宗教研修學院，名為「法鼓佛教研修學院」。之後，依據教育部於民國96年（2008年）三月召開研訂「宗教研修學院設立辦法草案」會議決議：宗教研修學院及其系、所、學位學程，均應冠以該學院所屬宗教慣用之名稱，不硬性規定冠以「研修」之文字。因此，本校為便於國際交流與簡明校名，報請教育部自97學年度起（8月1 日）核可，更名為「法鼓佛教學院」。
在學術研究方面，以過去已具備之「印度佛學組」、「中國佛學組」、「西藏佛學組」師資陣容，融合漢傳、南傳，與藏傳佛教之精華，開創佛教研修之新紀元。並且將原有的佛學資訊學程擴大為「佛學資訊組」，以培養佛學數位典藏與知識管理系統人才。同時重視梵、巴、藏之佛典語文的訓練，及加強英、日語之學習，建立「佛典翻譯學程」。
在實踐修行方面，可融合法鼓山僧伽大學佛學院與僧團之朝暮課誦、禪坐或定期共修為平常定課，以養成修行習慣。同時，結合法鼓山世界佛教教育園區之教學資源，進行禪修、儀軌、弘化等各類行門的理論探討與歷史演變之考察，以及實踐修行指標之建立，醞釀研究與修行並重的學風，傳統與創新相融的發展。
未來，「法鼓佛教學院」也可與籌設中的「法鼓人文社會學院」搭配，建構佛法與世學兼備的教學環境，讓學生們可互相作跨校選擇輔修學系與雙主修學系，以培養具有科際整合能力之佛教研修人才，造就具有宗教情懷之社會服務人才。
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