學術獨立

慈大雖由佛教慈善團體創立，但教職員生仍享有憲法第十三條所保障之宗教自由，學生社團亦有聖經真理生命社、儒學社、觸愛團契等，全校師生大多數非慈濟人。

研究中心

• 原住民健康研究室
• 運動員藥檢中心
• 古人類DNA研究室
• 實驗動物中心
• 自主神經研究室

社團活動

目前共有6個大類：「學生自治組織」、「學術、藝術性」、「服務性」、「音樂性」、「聯誼性」、「體育性」，2010年底共計56個學生社團，其中不乏表現優異者。（僅計入日間部登記在案者，不含校隊、進修部、各系學會下屬校隊社團）。

• 國樂社：「95學年度全國學生音樂比賽-大專團體組絲竹室內樂合奏」優等第一名
• 合唱團：「102 學年度全國學生音樂比賽決賽」優等、「2007全國大專院校音樂比賽北區優等」
• 慈青社、天文社：「2007年全國大專校院績優學生社團評鑑暨觀摩活動」優等獎