华盛顿大学于1861年11月4日正式成立，最初被命名为华盛顿领地大学Territorial University of Washington。次年，立法机关正式将其纳入大学，并建立评议委员会。创校之初，华盛顿大学因资金不足和生源短缺数次停办。直到1876年，Clara Antoinette McCarty Wilt 才成为华盛顿大学的第一个毕业生，她获得科学学士学位。到1889年，西雅图市和华盛顿大学都已经获得了长足的发展，华盛顿大学招生已经从最初的30名学生增加到近300人。

1895年，学校从市中心搬迁至新校区，迁入新建的丹尼厅。华盛顿大学仍然拥有位于西雅图市中心的都会大道(Metropolitan Tract)，这是西雅图最具价值的地产之一，每年为华盛顿大学创造数百万计美元的收入。