哈佛大学占地85公顷的本部坐落于剑桥市的哈佛庭院上，庭院位于波士顿商业区西北方约5.5公里处。里面包括了中央行政办公署及大学中央图书馆，另也有数栋学术大楼，如大学学堂、纪念教堂和新生宿舍等。共有十二所住宿大楼给大学生，九所位于哈佛庭院的南部，靠近查尔斯河；剩余的则在庭院的西北方，那里原本是以前拉德克利夫学院的学生宿舍，直到两者合并使用同一的住宿政策为止。校园附近有公交车及铁路等交通运输服务，供学生教员们穿梭校园。

哈佛大学的商学院及大多数的体育设施均处于波士顿的西边，占地145公顷。市区的行人天桥——约翰韦特桥横跨查尔斯河，并将两处的校区相连。哈佛的医学院、牙科学院及公共卫生学院则在长木医学区，占地约8.9公顷，在波士顿商业区的西南约5.3公里处，距离本部同样5.3公里远。医学区附近有巴士到达本部，中途站还包括后湾及马萨诸塞理工学院。

每个宿舍都包括了学生及管理员的房间，另也有饭堂、图书馆及其他学生康乐设施，这些大多数都由耶鲁大学慈善家爱德华·哈克尼斯（Edward Harkness）捐赠。

原本为拉德克利夫学院本部的拉德克利夫庭院，现则成为了哈佛大学拉德克利夫高等研究院的所在点，邻近其他的哈佛大学研究院。

学生宿舍曾发生过罪案。在2009—2011年期间，哈佛宣布共录得69宗性罪案、12宗抢劫案、15宗欺凌案、80宗爆窃案及10宗摩托车偷窃案。