国立大学についても、国が責任をもつべき高等教育や学術研究について、国が必要な財政措置を行いながら、法人化した各大学に実際の運営を任せることで、大学の活性化を図ろうとしている点では、独立行政法人制度と同じ枠組みといえます。

　しかし、国立大学法人制度では、大学の自主性・自律性に配慮する必要があります。このため、通常の独立行政法人制度では、法人の長の任命や中期目標は担当の大臣が自由に決める仕組みとなってますが、国立大学法人制度では、学長の任命や中期目標の作成に大学の意見が十分反映される仕組みを導入しています。また、評価についても、大学の教育研究の評価を行う専門機関である「大学評価・学位授与機構」や、独立行政法人評価委員会とは別に置かれる「国立大学法人評価委員会」で行います。さらに、法律の運用にあたって大学における教育研究の特性に配慮しなければならないことを国に義務づけています。

　このように、国立大学法人制度は、独立行政法人制度の枠組みを利用しながらも、大学にふさわしい独自の制度となっています。