随后，法经学院在1953年分离为法学院和经济学院。医学院也在1955年与1960年分别独立出了药学院和齿学院，并在1961年新设了基础工学院。1972年从文学院独立出了人间科学（人类科学）院，从而确立了10学部体制。尤其在1954年由日本社会经济学家高田保马将文法学院经济研究室独立创设为大阪大学社会经济研究所后，集聚了全国经济学精英，率先开展了近代经济学在日本的集群性研究，引起国际轰动，为阪大社科达到世界先进水平，实现文理均衡发展起到重要作用。

除了以上10个学部，作为大学院（相当于研究生院）的独立研究科，1989年设立了语言文化研究科、1994年设立了国际公共政策研究科。2002年从基础工学研究科独立出了情报科学（信息科学）研究科，同年，以细胞生体工学中心为主体，设立了生命机能研究科。2004年作为第15个研究科新设了俗称法科大学院的高等司法研究科。