根据澳大利亚政府大学委员会在1973年12月14日的一份报告，建议在维多利亚州吉隆地区建立一所大学。1974年，“‘迪肯大学’法案”获得议会通过，标志着‘迪肯大学’的诞生。学校的第一座校园设在吉隆市内的Waurn Ponds，并于1977年正式对外招生。

最初，迪肯大学只有吉隆市的一个校园。至1980年代末，由于联邦的教育改革，迪肯才有了更大的发展契机。先后与华南布尔高等教育学院，以及维多利亚学院的大部分合并。1990年代，迪肯大学在维多利亚州曾一度拥有六个校区；其中，三个在墨尔本（包括Burwood校区、Clayton“Rusden校区”、以及Malvern“Toorak校区”)，两个在吉隆，一个在华南布尔。

2001年前后，学校决定关闭以环境科学系和教育系为主的Clayton“Rusden校区”，学生和教学设施都并入了Burwood校区；而现在原“Rusden校区”的建筑已经改建为学生公宿舍大楼，成为蒙纳许大学Clayton校区的一部分。2007年，学校再将位于Malvern的“Toorak校区”关闭；所有的设备、资源都集中于Burwood校区；同时，将Burwood校区改称为“墨尔本校区”。

为了加强农村地区的医疗力量，2006年4月8日，时任联邦政府总理的约翰·霍华德宣布，将在迪肯大学设立医学院。2008年5月1日，迪肯大学医学院正式成立；这是继墨尔本大学和蒙纳士大学之后，维多利亚州第三所医学院。

自2008年，在主掌教务的副校长约翰·罗森堡（John Rosenberg）教授的决策下，迪肯大学着手仿效邦德大学以“每年三学期”的制度，代替了一般“每年两学期”的制度。尽管这项改革尚存争议，但是充分表现出迪肯大学锐意改革、不断进取的兴学宗旨。