剑桥大学为学院联邦制，这代表着各个成员学院 (College) 有很大的自治权，如他们有权调整开支及管理自己的资产等。学院会独立招收来自于各个学术领域的学生，为学生安排住宿及提供某些本科辅导课程。学术学院 (School) 与专业学院 (Faculty) 则是负责统整学术研究及教育，并由学系 (Department) 直接负责进行。例如 School of Physical Sciences负责管理三个 faculties: Earth Sciences & Geography、Mathematics、Physics & Chemistry、以及一个 Isaac Newton Institute for Mathematical Sciences。而每一个faculty都又包含数个科系。

这些机构由中央的大学理事会负责监督，而中央行政机构由校长带领。大学的设施也因此分为三种类型，在所有成员学院、专业学院、学系都有。以图书馆为例：各个学院都有自己的跨学科图书馆，每个学术学院也有相对应的藏书库，大学本身也有中央图书馆