1813年，杰出的苏格兰裔蒙特利尔商人和慈善家，格拉斯哥大学校友詹姆斯·麦吉尔去世时立下遗嘱，将47英亩庄园土地和1万英镑馈赠给皇家高等学会，用以创办一所学院或大学。1821年英王乔治四世颁布了一项皇家宪章（皇家特许状），以麦吉尔为名建立了一所学院McGill College。

其第一任校长由圣公会魁北克省及蒙特利尔教省第三任大主教The Right Rev. Dr. George Mountain （民法博士，牛津大学）担任，其同时也是中学毕索学院和毕索大学的创校校长。1829年，蒙特利尔总医院的教学部并入麦吉尔学院，学校改名为麦吉尔大学（McGill University），并于同年正式开课。麦吉尔大学被允许建立于英国对加拿大殖民统治时代，比加拿大联邦政府建立早46年，是加拿大魁北克省最古老的英语大学。

早在十九世纪，已有三所加拿大大学跻身世界百强，麦吉尔大学位列龙头。自1926年以来，麦吉尔大学一直是美国大学协会（Association of American Universities, AAU）成员（北美一共62所大学入选，加拿大仅有2所大学入选）。此外，麦吉尔大学是世界经济论坛--全球大学校长论坛的全球26所获邀高校之一，也是加拿大仅有的获邀高校。同时，麦吉尔大学也是美国研究型大学协会（Universities Research Association, URA）、Universitas 21等组织成员