曼尼托巴大学是于1852年在温尼伯，曼尼托巴省的Broadway街建立的一所非宗教大学，授予在罗马天主教会的圣Boniface学院、圣公宗的圣约翰学院和长老教会的曼尼托巴学院这三所教会学校毕业的学生学位。曼尼托巴大学在1880年授予了第一个学位。Wesley学院，一个卫理工会派教会学院，在1888年附属了已经建立了11年的曼尼托巴大学。

曼尼托巴大学是加拿大西部的第一所大学。从创立起，大学已经添加了许多学院到其组织与行政体中。1882年，最初由医师和外科医生创立的曼尼托巴医学院成为了大学的一部分。后续加入的有：

卫理公会卫斯理学院（1888年）

曼尼托巴药学院（1902年）

曼尼托巴农学院（1906年）

圣保罗学院（1931年）

布兰登学院（1938年）

圣安德鲁学院（1946年）

1901年曼尼托巴省议会修改了大学法案，大学被允许开设自己的课程。1905年，温尼伯市区的一座建筑成为了第一所教学机构，全体人员是6名科学家教授。管理模式仿照了1906年的多伦多省级大学法案，成立两院制度：由系组成的参议院负责学术政策，由平民组成的管理委员会负责财务政策和其它事务。校长由管理委员会指定，负责协调两方并执行机构的领导。在20世纪早期，专业教育从传统的神学、法学和医学开始扩展。基于在德国影响下的美国模式，毕业后学生进行学科研究并完成论文的模式开始实行。