1985年，樹仁學院遷至寶馬山現址。

1995年，樹仁學院圖書館大樓落成。

1999年，因香港特區政府教育統籌委員會發表教育改革建議，錯誤把樹仁納入“持續進修學院”，貶低其法定地位。樹仁集合多方面的力量，設立“爭取樹仁成為私立大學委員會”，爭取支持，正名大學，得到廣泛的正面回應。

2000年，香港教統局提供四百六十萬港元為其作升格作評審費用，正式踏上升格正名之路。

2001年，樹仁學院順利通過香港學術評審局的評審，獲准開辦4個榮譽學士學位課程，並修改專上學院條例，成為香港第一所可頒授榮譽學士學位的私立高等院校，但仍未正名為大學。

2005年，樹仁第三幢主要建築物——宿舍文康大樓，施工三年後終於落成，初具成為大學的規模。

香港樹仁大學獲正名

香港樹仁大學獲正名

2006年，香港學術評審局完成對樹仁的最後一次院校評審，並正式通過其管治及質素保證機制，同年確認過樹仁具備自我評審資格。特首會同行政會議決定，批准樹仁正名為“香港樹仁大學”，並即日生效，成為香港首間法定財政自資大學。

2017年，香港特區政府撥款興建的研究院綜合大樓落成。

2018年，香港行政長官指令批准香港樹仁大學頒授多個課程的碩士和博士學位